W drugiej generacji, czyli między '89 a '90 była drobna zmiana w w kilku punktach auta pod koniec '92. I były to w zasadzie duperele, ale przez to części nie zawsze pasują "bolt on" albo "plug in"
Zmianie uległa głownie instalacja elektryczna, znaczy zmieniono sporą ilość złączy na takie, jakie ówcześnie toyota stosowała w innych modelach produkowanych równolegle. Zmieniono też parę dupereli w silniku (napinacz paska rozrządu, zmiany w układzie chłodzenia), ale najważniejsza zmiana to światła. Z przodu, zamiast uniwersalnych prostokątnych (kompatybilnych z innymi modelami, jak hilux czy hiace) znalazły się takie duże profilowane, pasujące już tylko do 4Runnera. Z tylnej klapy zniknęły światła cofania, zostało za to jedno, czerwone, przeciwmgłowe, a lampy cofania zintegrowano z zespolonymi lampami w narożnikach.
Zderzak natomiast, poza optycznymi "udoskonaleniami" jest identyczny, jak chodzi o mocowania.
